Die Flussseeschwalbe unterscheidet sich von der Küstenseeschwalbe vor allem am Schnabel: Die Spitze ist dunkel gefärbt. Es gibt noch weitere, feine Unterscheidungsmerkmale, so erscheint der Bauch heller und der Schnabel etwas länger. Allerdings variieren die Merkmale von Ort zu Ort, daher sind diese Unterscheidungsmerkmale nicht zuverlässig. Der kreischende Warnruf klingt rauher als bei einer Küstenseeschwalbe.

Flussseeschwalben kommen auch im Binnenland und in ganz Europa vor, während man Küstenseeschwalben vor allem in Nordeuropa an den Küsten vorfindet. Je nördlicher man geht, umso eher hat man es mit einer Küstenseeschwalbe zu tun. Im Binnenland brüten die Flussseeschwalben auf den Inseln oder Sandbänken der Flüsse oder Seen, an der Küste bevorzugen sie Strände oder Inseln, wo sie größere Kolonien bilden als im Binnenland. Wie bei der Küstenseeschwalbe bringt das Männchen dem Weibchen einen Fisch. Dabei finden auch Flugspiele statt, in denen das Männchen den Fisch hoch hinaufträgt und das Weibchen folgt. Je mehr Fisch das Männchen bringt, umso eher erscheint es für das Weibchen als Partner geeignet. Die Nester liegen sehr nahe beieinander, daher werden die Grenzen energisch verteidigt. Das flache Bodennest liegt meist in einer Mulde und ist nur mit wenig Gras ausgepolstert. Das Weibchen legt zwei oder drei Eier. Die Jungen werden von den Eltern mit kleinen Fischen gefüttert. Obwohl die Flussseeschwalben im Winter weit Richtung Süden ziehen, kehren sie jedes Jahr an den gleichen Brutplatz zurück.